不仅如此，就连他的后宫也是佳丽三千，可谓是志得意满。

只是可惜，之后王重阳带着周伯通来大理皇宫寻他，以先天功换取段氏一脉祖传的一阳指，而在段智兴和王重阳在互相传功法时，周伯通无聊之下居然进入段智兴的爱妃瑛姑洗浴之地。

瑛姑乃是江湖出身，在一次街头卖艺时，段智兴被瑛姑深深吸引，而瑛姑也对武功高强，英俊潇洒的段智兴产生情愫，两人一拍即合，段智兴纳瑛姑为妃。

只是，婚后，段智兴即便给了瑛姑享不尽的荣华，可是因为痴迷武功和处理大理国事而忽略了瑛姑。

空虚寂寞的瑛姑遇到孩童心性的周伯通，两人背着段智兴，每日玩闹，在一次偶然之下，两人尝了禁果，瑛姑竟在这次意外，珠胎暗结。

两人的事迹最终被出关的段智兴和王重阳发现，在王重阳的说和下，段智兴本打算将瑛姑嫁给周伯通。

只是，周伯通因为羞愧的原因，竟一走了之。

之后，瑛姑郁郁寡欢，只是，因为怀有身孕，这才坚持了下来。

在华山论剑的前几天夜里，瑛姑本在照顾她和周伯通的孩子，裘千仞为了消除一大敌人，竟一掌将瑛姑的孩子打成重伤，逼瑛姑去求段智兴施展一阳指救她儿子。

只是，一来，瑛姑背叛他，跟周伯通私通，段智兴没有杀了瑛姑已经算是仁慈了，二来，华山论剑即将开始，段智兴如何能耗费功力救这个孽种，最后，瑛姑儿子重伤致死。

段智兴得知消息后，心中后悔自己为了吃干醋，导致幼小的生命夭折，加上段氏一族本就非常信佛，悲愤之下，段智兴辞去大理皇位，出家为僧，而瑛姑也因为段智兴当年没有救自己的儿子，对段智兴产生恨意，这才指点黄蓉和郭靖前去寻找段智兴。

一来，是想看看出家为僧的段智兴会不会耗费功力救助黄蓉，若是不会，那她可借此好好嘲讽段智兴，加深段智兴的心魔。

二来，若是段智兴救黄蓉，必定功力大损甚至武功尽失，她即可找段智兴报那见死不救之仇。

最后，段智兴虽然知道瑛姑的谋划，可慈悲为怀的他不忍老友的女儿夭折，还是施展一阳指救助黄蓉，最后武功尽失，若不是黄蓉投桃报李，将九阴真经传给段智兴，恐怕日后江湖中再无南帝的称号了。

秦皓和黄蓉带着神雕，马不停蹄的赶道荆湖北道，经过三天的寻找，终于找到了南帝的隐居地桃源。