而红毛番为阻止大军登岸，随即沉破大量船只。

崇祯十七年四月七日，杨奇率领众将士在铁甲舰上“祭天”“礼地”“祭江”，举行隆重的誓师仪式。一切准备就绪，船舰将士候风进发。九日，大明将士两万五、战船数百艘自澎湖列岛，向南挺进。

澎湖到台湾虽然只有52海里，但如遇逆风，就十分困难。十三日，舰队驶抵柑橘屿，

根据杨奇事先的调查，要顺利进入鹿耳门，必须利用每月初一日和十六日的大潮，如错过时机，就要向后推迟半个月。在这种情况下，杨奇当机立断，决定进行强渡。一些将领鉴于风大浪险，力劝杨奇不要贸然从事，要求暂缓开航。

对此，杨奇力排众议，下令立即起碇开船。

十五日晚，杨奇亲自率船队冒着暴风雨横渡海峡。他们同风浪搏斗了半夜，于四月十六日拂晓航行到鹿耳门港外。杨奇先换乘小船，由鹿耳门登上北线尾，踏看地形，并派出精良的潜水健儿进入台江内海，侦察红毛番情况。

红毛番的据点台湾城、赤嵌城位于台南。这里海岸曲折，两城之间有一个内港，叫做台江。台江西南面有七座山屿相连，叫做七鲲。每座山屿相距1里多，彼此“毗连环护”。一鲲北面隔 海有北线尾小岛，其间海面叫大员港。北线尾北侧为鹿耳门港。红毛番修筑的城堡台湾城在台江西侧的一鲲，赤嵌城在台江的东侧，互为犄角。

从外海进入台江有两条航路：一条是大员港，叫南航道，在北线尾与一鲲之间；一条是北航道，在北线尾与鹿耳门屿之间，即“鹿耳门航道”。南航道口宽水深，船容易驶入，但陆上有重炮瞰制，必须经过战斗才能通过。北航道水浅道窄，只能通过小舟，大船必须在涨潮时才能通过。

1627年红毛番在北线尾岛北端建有热堡，不过目前守军不多，红毛番认为，凭此“天险”，只要用舰船封锁南航道海口，与台湾城、赤嵌城的炮台相配合，就可阻止明军登陆。

杨奇之所以选择在鹿耳门港突入，一是掌握了该地的潮汛规律，即每月初一、十六两日大潮时，水位要比平时高五六尺，大小船只均可驶入。杨奇从澎湖冒风浪而进，正是为了在初一大潮时渡鹿耳门，二是杨奇早已探测了从鹿耳门到赤嵌城的港路。三是有铁甲舰的防护，红毛番等于失去了舰队的辅助。

四月十六日中午，鹿耳门海潮果然大涨，杨奇命令众将士按图迂回而进。明军大小战舰顺利通过鹿耳门后，立即兵分两路：一路登上北线尾，一路驶入台江，准备在禾寮港登陆。