到了22BBY，杜库伯爵和核心加盟成员正式在吉奥诺西斯星球签字，并确认成立一个独立于银河共和国的政权——独立星系邦联！

银河共和国立刻作出反应，对独立星系邦联宣战并对吉奥诺西斯星球发动突袭，拉开了被称之为克隆人战争的浩大内战的序幕。

双方在整个银河系范围内展开交火，独立星系邦联的兵锋一度直指银河系内环，就连银河系内环通往核心圈的门户，德隆星系都遭到了攻击。

但最终，银河共和国还是凭借自己无比庞大的工业能力、近乎无限的人口数量以及超过独立星系邦联数十倍的经济体量，将战线反推回去。独立星系邦联开始在战争当中转为守势。

而黎明星球也在战争当中扩张了大量的区域，并且在20BBY宣布成立黎明公国，唐骁成为黎明大公。与此同时，独立星系邦联的领袖杜库伯爵也正式就任邦联元首，这也标志着独立星系邦联对这场战争的定义，从银河系内战，变更为国与国之间的生死较量。

然而在这个过程当中，内忧外患的银河共和国却先一步按压不住内部矛盾，在共和国议长帕尔帕廷的谋划下，改组成为银河帝国！

在这场战争当中，银河共和国反而成了先一步承受不住的那一个。

紧接着，黎明大公唐骁和银河帝国单独媾和退出战争，杜库伯爵统领的独立星系邦联被迫收缩战线，在银河系东境进行最后的抵抗。

战争又持续了四年，随着独立星系邦联最终的防线——萨鲁卡米星球的陷落，邦联已经彻底在战争当中无以为继，失败已经是摆在明面上的结局。

但是谁也没有想到，哪怕独立星系邦联已经是苟延残喘的状态，给予邦联最后一击的，却并不是银河帝国，而是独立星系邦联曾经的最高军事统帅——格里弗斯将军！

格里弗斯将军突然发动兵变，突袭了独立星系邦联首府拉克萨斯次行星，并且杀死了邦联元首，杜库伯爵！！