目前，所有军方的官员在最开始的时候暂时保留，让他们到各自的部门继续任职，但是在帝国建立几周之后，初步稳定下局面的帕尔帕廷也开始对军方人员下手。

帕尔帕廷展开了一场大清洗运动，所有在调查当中被认为不可信任的军官全部都被清退甚至逮捕，取而代之的是对帕尔帕廷绝对忠诚的那些人。

在这个过程中，一些有着深厚军事传统的家族也被赶出了军队，因为这些人被帕尔帕廷看做是自己绝对掌控军队的阻碍。

而共和国情报部也是一个千疮百孔混乱不堪的部门，在之前，共和国一共有四个不同的情报部。这些情报部低效而臃肿，在战争当中屡次被黎明公国的间谍戏耍，贻误了不少战机。在这次的重组当中，四个情报部统一被整合成为帝国情报局（Imperial Intelligence），由前任SBI首领艾曼德-伊萨德（Armand Isard）领导。

同时，作为帕尔帕廷忠实的狗腿子，共和国保护委员会（COMPOR）也改名为新秩序维护委员会（the Preservation of the New Order），简称COMPNOR。基本职能不变，继续作为一个狂信徒一样的组织在帝国的每一个角落宣扬帝国和皇帝的荣光。

共和国青年团也更名为帕尔帕廷青年团，或者是帝国青年团，同样也是在年青一代当中培养狂热的皇帝信徒。

值得一提的是，新秩序维护委员会（COMPNOR）在帝国当中的权力变得非常巨大，几乎银河系的每一个角落每一件事情，只要被认为是对皇帝不忠，对帝国不利，他们都有权干涉。

而冲锋队作为皇帝直属的暴力机构，往往也会配合新秩序维护委员会的行动而直接抓人，并且没有任何人敢于阻拦。

同时在新秩序维护委员会下属，还成立了一个分支机构，帝国安全局（ISB）。这个机构也同样是直接对帕尔帕廷皇帝负责，主要是用来制衡帝国情报局的。相当于是一个秘密警察组织，负责对帝国各处的监控和监听，以及对可能的反乱分子的调查和逮捕。

顺带一提，前共和国海军上将伍尔夫-尤拉伦，也在ISB成立的时候，被迫辞去海军上将的职务，而进入ISB成为一名上校。

这是因为伍尔夫-尤拉伦上将对绝地武士团的同情，而且在之前的战斗当中，他和绝地武士的关系也非常好，所以相关人员认为他不应该继续留在军方。不过经过审查，又判定他对银河帝国确实忠心耿耿，所以才有了进入ISB的机会。